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根据《省级预算管理综合考评暂行办法》（财预﹝2012﹞1786号），省财政厅对省级预算部门预算管理工作进行了综合考评，省科技厅被评为“2016年度省级预算管理综合考评优秀单位”，受到省财政厅通报表彰。
一、 突出“规范”，抓制度建设
一是加强科技计划资金管理。配合省财政厅研究制定了《关于改革完善省级财政科研项目资金管理等政策的实施意见》、出台了《安徽省科技重大专项资金管理办法》、《安徽省重点研究与开发计划资金管理办法》、《安徽省自然科学基金资助项目资金管理办法》三个专项资金管理办法，规范了科技计划经费管理。
二是加强内部资金管理。起草《省科技厅内部审计制度》，印发《关于调整省科技厅差旅费管理暂行办法有关规定的通知》和《省科技厅内部控制建设实施方案（试行）》，并将相关制度编印成册，做到人手一本，用制度规范工作。
二、突出“整合”，抓预算编制
一是夯实预算编制和预算办理基础。及时组织厅直属预算单位编报部门预算基础信息，核实机构性质、级别、编制等，核对人员信息和更新津补贴信息等。
二是整合项目支出。贯彻国家和省有关文件精神，根据科技活动特点和科技计划管理改革要求，加强科技项目和资金配置的统筹协调，将省级科技计划整合为创新型省份建设专项、自然科学基金、科技重大专项、重大研究与开发和人才专项、创新环境建设专项六大类，明确各类科技计划的功能定位、目标，实行财政资金差异化扶持。2016年预算将原来28个项目整合为16个项目，压缩42.86%。
三是统筹参加评审。按照省财政厅关于省级预算公开评审论证的相关要求，组织各有关处室共同做好“对外科技合作发展”和“技术转移示范”两个项目支出预算和省科技厅部门整体预算的评审汇报材料的起草、修改和汇报工作，取得评审专家较高评价。
四是争取加大对科技创新工作的投入。在预算一上、二上编制环节，多方式、多渠道向省政府汇报，并积极与省财政沟通协调，2017年科技计划项目资金增加21785万元，较上年增长约17%，增加的经费主要用于创新人才引进、高新技术企业培育，以及科技创新政策兑现和专利政策补助等。
五是提高年初预算细化到位率。2016年科技厅部门科技项目存量经费（含专利，不含教育）90%细化到项目，编入年初预算中。
六是依规盘活财政存量资金。及时对历年财政存量资金（不含国库指标结转）情况进行梳理，做好存量资金盘活分配和合理使用以及上交国库等工作。
三、强化“绩效”，抓预算执行
一是批复预算并公开。及时批复各二级预算单位，督促各单位和机关有关业务处室结合年度工作，科学合理地安排支出计划，切实提高财政资金使用效益；同时按照政务公开相关要求，依规定的时间、内容、格式在厅网站公开部门预算及“三公”经费预算情况。
二是硬化预算约束。要求各单位严格按照批复的预算科目、项目、数额执行预算，不得随意调整预算。对预算执行中因政策变化确需调整的项目，均按照规定程序报省财政厅批准后执行。
三是上报地方预算资料。梳理近几年安徽省出台的加大科技投入、推动科技创新的政策文件，进一步分析安徽省科技经费管理成效及存在问题，向科技部报送了《2016年地方财政科技投入情况统计表》和《地方科技经费管理情况报告》。
四是加快预算执行。2016年预算14.86亿元，实际执行14.66亿元（含转移市县执行预算等），预算执行率98.65%，比上年增加0.19个百分点。
五是加强绩效评价。通过制定工作方案、确定个性评价指标、开展绩效运行进行跟踪等工作，认真组织了4个项目绩效自评工作，并积极应用绩效评价结果，进一步完善项目管理制度，规范项目资金管理，提升项目产出绩效。